Между прочим, хлопоты штаба по ликвидации экологических последствий мыслецкой аварии были ненапрасными. Штаб совместно с Минприроды ЧР и местной природоохранной прокуратурой упорно писал во все инстанции о том, что ликвидация источника загрязнения идет неудовлетворительно. Мероприятия, намеченные на ликвидацию, выполняются плохо. Штаб указывал в своих отчетах, что к бурению скважин, взятию контрольных заборов проб и анализу грунтов непосредственно под железнодорожными путями в зоне аварии Управление Горьковской железной дороги не приступило, хотя с момента аварии прошел почти год. В зимне-весенний период 1996-97 годов Управление ГЖД выемку загрязненных грунтов, донных отложений, откачку загрязненных вод и вывоз их за пределы ЧР с целью обезвреживания и утилизации, а также другие работы по ликвидации загрязнения территории фенолом, дизельным топливом и продуктами совместного горения опасных грузов, не производило.
Особое беспокойство у чувашских природоохранителей вызывала реабилитация среды обитания человека в зоне чрезвычайной ситуации. Из-за непредставления Управлением ГЖД баланса данных о количестве сгоревших, сброшенных и попавших на грунт, в водную среду, в донные отложения фенола, нефтепродуктов и других вновь образовавшихся при горении вредных веществ; границ плотности заражения зоны аварии и опасных зон в соответствии с действующими правилами перевозки опасных грузов; материалов Центра ООС МПС и Академии наук РФ по уточнению баланса вредных веществ, попавших в природные среды, данный пункт не выполнен. Например, предложение по приемочным параметрам санитарных территорий природной среды и других объектов, которые находятся в стадии разработки, абсолютно не обеспокоили Управление ГЖД, и предложений по этому пункту от него не поступало.
Из-за отсутствия количественных данных по первым трем дням аварии (когда авария нанесла самый тяжелый удар по всем природным средам) основной объем фенола, попавший из сошедших с рельсов цистерн, а также водные отходы от тушения горячих цистерн в расчет вовсе не были взяты. Даже при всех неполных сведениях по расчетам, произведенным специалистами Чувашкомлеса и Управления Средневолжскрыбвода, ущерб лесному хозяйству составил 317,1 млн. рублей, рыбному – 13 млн. деноминированных рублей в результате гибели рыбы в озере Мочальном. Из-за отсутствия баланса данных о количестве сгоревших, сброшенных и попавших на грунт, в поверхностные водоемы, донные отложения, подземные воды и атмосферу фенола, нефтепродуктов, других вновь образовавшихся при пожаре опавших веществ, границ и плотности заражения зон и утвержденных методик ущерб другим природным средам не подсчитан.
